Syllabus Bioinformática-2013-2 - Facultad de Ciencias Biológicas

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UNIVERSIDAD NACIONAL MAYOR DE SAN MARCOS
(Universidad del Perú, Decana de América)
FACULTAD DE CIENCIAS BIOLÓGICAS
ESCUELA ACADÉMICO PROFESIONAL DE GENÉTICA Y BIOTECNOLOGÍA
SYLLABUS DE
BIOINFORMATICA
COD. B02031
Semestre Académico 2013-II
I. DATOS GENERALES
1.1. Nombre del curso
: Bioinformática
1.2. Código del curso
: COD. B02031
1.3. Nº de créditos
: 3.0
1.4. Duración del semestre : 17 semanas
1.5. Año de estudio
: 6to Semestre
1.6. Nº de horas
1.6.1. Teoría
: 2 horas
1.6.2. Práctica
: 2 horas
1.7. Pre-requisito
: Genética Molecular (B02023)
1.8. Personal Docente
Profesor Responsable : Dra. Rina L. Ramírez Mesías
Profesor Colaborador : Dra. Mónica Arakaki Makishi
Profesor Colaborador : Blgo. Daniel Saúl Oré Chávez
1.9. Horario del curso y ambiente
Teoría
: Miércoles 14-16 hs. (Centro de Cómputo)
Práctica
: Miércoles 16-18 hs. (Centro de Cómputo)
II.- SUMILLA
El curso aborda la teoría y los métodos usados para análisis de secuencias de
DNA/RNA, y los aminoácidos en una proteína, mediante el desarrollo de técnicas
empíricas para explorar bases de datos de genoma y proteínas y entendimiento de
métodos para aplicaciones a genómica y proteómica.
III.- OBJETIVOS
3.1. OBJETIVO GENERAL
El curso enfatiza en cómo usar la computadora como una herramienta de investigación
teniendo como datos secuencias de nucleótidos y aminoácidos.
3.2. OBJETIVOS ESPECÍFICOS
Al final del curso los estudiantes tendrán un entendimiento de
- Cómo se colecta, almacena, organiza, maneja y se distribuye la información de
secuencias.
- Cómo usar la información de secuencias para entender los complejos procesos
biológicos.
- Los métodos que mejor revelen y conceptualicen la información contenida en
los datos obtenidos en investigación genómica y proteómica.
- Tendrán las bases para formular hipótesis sobre datos genómicos y proteómicos
y testarlas con métodos experimentales en bioinformática.
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IV.- SISTEMA DE EVALUACIÓN (de 0 a 20)
Teórico-Práctico:
Primera evaluación escrita cancelatoria:
Semana VIII
Segunda evaluación escrita cancelatoria:
Semana XVI
Sustitutorio según Reglamento de evaluación:
Semana XVII
[2IEEC + 2IIEEC + (Prácticas calificadas)]/5
- El 30% de inasistencia a las prácticas inhabilita al estudiante para continuar en el
curso.
- Las pruebas parciales dejadas de dar se califican con CERO e intervendrán en el
promedio final.
V.- METODOLOGÍA
El curso incluye clases formales y ejercicios en el centro de cómputo. Las clases
serán interactivas; se hará uso de materiales audiovisuales y uso de pizarra.
VI.- PROGRAMA CALENDARIZADO
Semana
Tema
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Introducción.
Uso de bases de datos de secuencias de nucleótidos.
GenBank.
2 Minería de datos. BLAST.
3 Base de datos de secuencias de proteínas. Swiss-Prot. BLASTp.
4 Edición de secuencias.
5 Alineamiento múltiple de secuencias.
6 Alineamiento múltiple de secuencias (cont.).
Edición y publicación de alineamientos.
7 Evaluación se secuencias de nucleótidos.
8 PRIMERA EVALUACIÓN ESCRITA CANCELATORIA
9 Análisis filogenéticos.
10 Networks. (Prof. Oré)
11 Codones, marcos abiertos de lectura (ORFs). Introns, exons. (Prof. Arakaki)
12 Predicción de estructura secundaria de RNA. (Prof. Oré)
13 Dominios. Motifs funcionales. (Prof. Oré)
14 Estructura 3-D de proteínas. Predicción de propiedades y estructura. (Prof. Oré)
15 Diseño de primers. Anotación de secuencias.
16 SEGUNDA EVALUACIÓN ESCRITA CANCELATORIA
17 Sustitutorios.
VII.- REFERENCIAS BIBLIOGRAFICAS
Libro de texto
CLAVERIE, J.M. & NOTREDAME, C. 2003. Bioinformatics for Dummies. Wiley
Publishing.
Guía de Prácticas
RAMÍREZ, R., P. RAMÍREZ, P. ROMERO, C. CONGRAINS & J. RAMIREZ. 2012.
Guía Práctica de Bioinformática. E.A.P. Genética y Biotecnología y E.A.P.
Microbiología y Parasitología, Facultad de Ciencias Biológicas, Universidad Nacional
Mayor de San Marcos.
Consulta complementaria
BAXEVANIS, A. & OUELLETTE, F.B.F. (eds.). 1998. Bioinformatics : A practical
guide to the analysis of genes and proteins. John Wiley and Sons, New York.