Argus_Acoplamiento_Molecular_4

Ejercicio 4: Acoplamiento
El objetivo de este ejercicio de computadora es el acoplar un inhibidor en el sitio activo de
catepsina L.
Antes del ejercicio, usted debe leer el artículo de H. Tsuge, et. al, Biochem. Biophys. Res.
Commun. 266 (1999) 411: ''Inhibition mechanism of cathepsin-L specific inhibitors based on the
crystal structure of papain-CLIK148 complex".
1.
Si usted no lo ha hecho ya tome la mejor conformación de nuestro inhibidor SB412515
obtenida por usted en el ejercicio de muestreo conformacional y guárdelo como un archivo
de pdb en Spartan.
2.
Preparando la proteína para el acoplado.
 Baje los archivos pdb de Cathepsin L de http://www.teokem.lu.se/~patrik/medchem/
 Empiece el software Arguslab y abra el archivo del pdb.

 Quite todas las cadenas excepto UN y B. Usted tiene un monomer de Cathepsin L.
Las cadenas quitando: A la izquierda en el molécula árbol vista clic más a la
cadena usted desea quitar, pulse el botón más al acids'' de ''Amino. El clic
salido el aminoácido de la cima, desfile abajo al aminoácido del fondo, cambio
de la prensa y clic izquierdo él. Todos los aminoácidos se vuelven el clic rojo,
correcto ahora y seleccionan anule. Si usted hace simplemente clic correcto de
nuevo a un mensaje del error y anula de nuevo.
 Quite todas las moléculas de agua

 Quite el ''NAG ''molecule encontró bajo ''Misc ''
3.
3.
4.
5.
Defina el sitio activo. Primero localice el CYS activo 25 residuo en la vista del árbol. El
clic correcto en él y ''Make selecto un grupo de este residue'', nómbrelo el site'' de ''Binding
y tipo del juego el site'' de ''Binding. Usted puede encontrar su sitio obligatorio ahora en la
vista del árbol bajo ''Groups ''.
4.
Defina su ligand.
Primero abra que sus pdb archivan con nuestro inhibidor.
El clic correcto en el nombre del residuo en la vista del árbol y escoge ''Make un grupo del
ligand de este residue''.
5.
Realice el cercenando. Vaya al menú ''Calculation '' y escoge ''Dock un
ligand''. Pulse el botón el size'' de ''Calculate para las escenas de la caja Limitando
automáticas (éstos deciden cómo el volumen grande los ligand intentarán cercenar en).
Ajuste las escenas si usted encuentra la caja demasiado grande o demasiado pequeño (El
tiempo del cálculo es proporcional al tamaño de la caja para que no lo hace demasiado
grande, pero hechura seguro cubre el sitio activo y es grande bastante para que los ligand
pueden ligar de las maneras diferentes dentro de esta caja). Pulse el botón ''Advanced '' si
usted quiere ajustar el número de propone eso se probará (el valor por defecto es 150,
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7.
normalmente el ok). Entonces pulse el botón ''Start '' y el cercenando empezarán. (Esto
tardará de 10min a 3 horas que dependen de su tamaño de la caja, 10-30 minutos están bien
para este ejercicio) (Después del cercenar su ligand se encontrará ahora como un grupo en
la vista de árbol de proteína.)
6.
Evaluando el cercenando.
En la vista del árbol usted encontrará sus
resultados cercenando ahora bajo ''Calculations ''. En su cálculo cercenando usted
encontrará que todos el mejor propone con su energies. Parezca al propone por derecho que
pulsa el botón un proponga y seleccione ''Display ''. Pase por todos propone y escribe
abajo ellos en los grupos por cómo similar ellos son.
Para el mejor proponga (y algunos
de los otros grupos si usted quiere a) parece en el detalle cómo liga a la proteína.
Usted
puede ver el hidrógeno une seleccionando el ligand agrúpese en la vista del árbol, el
derecho pulsando el botón y seleccionando el ''show hidrógeno bonds''. Si usted no
quiere ver la proteína entera pero sólo la parte que ligan al ligand hacer a lo siguiente:
Derecho-pulse el botón el ligand y ''Make selecto un sitio obligatorio para este group''.
Entonces seleccione el menú de ''view–esconda el protein''. Y entonces derecho-pulsa el
botón el nuevo grupo del sitio obligatorio y ''show selecto ''. Imprima fuera una vista
detallada del ligand en el mejor proponga con los residuos del neighbouring. También
imprima fuera las vistas de la proteína entera con algún diferente propone. Imprimiendo
se hace más fácil escogiendo ''export '' entonces en el menú del archivo, los jpg estructuran
e insertando el archivo de la imagen en la palabra. Muestre que los más buenos proponen
y van archivar el menú y ahorrar como el archivo de PDB. Esto se usará en el ejercicio de
la dinámica molecular. Así que asegúrese para mandarlo electrónicamente en alguna parte
era usted puede sacarlo sin tener que estar en el cuarto de la computadora.
Modifique el inhibidor según el overleaf de la figura (asegura que los grupos diferentes
prueban el substituents diferente). Empiece del mejor proponga del cercenar a menos que
usted piensa que otro propone será con toda seguridad bueno las modificaciones. ¿El
ataque se mejora o deterioró? Modificar el inhibidor lo abren en el espartano (usted ya lo
tiene), modifiqúelo, minimice por MMFF y la exportación a PDB archive el formato.
Entonces cargue el nuevo archivo en ArgusLab y carrera que cercenan con las mismas
escenas como antes.
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8.
¿Qué predicciones generales usted puede dibujar sobre el varios substituents en
este anillo, usando las estructuras cercenadas? ¿Qué compuesto usted haría pensar en?
Pruébelo con ArgusLab.
Abra el papain-inhibidor complejo usted transmitió para ejercicio 3 (1CVZ.pdb). Estudie la
estructura y apunte todas las interacciones entre la proteína y el inhibidor (el hidrógeno une
y der del carro de mudanzas las interacciones de Waals).
¡Guarde todas las estructuras a los próximos ejercicios! Modelo de fuera el inhibidor.
R1 = H o COO–.
R2 = H o COO–.
R3 = CHO, COOCH3, o COO–.
10.