Toni Párraga, "Biocomputación y Gestión del Conocimiento"

Biocomputación y Gestión del Conocimiento
www.esteve.com
1.
Industria Farmacéutica – El Proceso de I+D
2.
Gestión del Conocimiento
3.
Demanda
Antonio Párraga
1
Industria Farmacéutica – El Proceso de I+D
Crear Nuevos Medicamentos es un Viaje de Riesgo
15
Medicamento
Evaluación de
Riesgo
Estudios en miles
pacientes (Fase III)
Aprobación
10
Estudios en 100-300
pacientes (Fase II)
Estudios Seguridad
Estudios en Voluntarios
Sanos (Fase I)
Candidato
5
Formulaciones
Screening
Síntesis de
compuestos
Proyecto
Años
Estudios
Farmacología
Idea
www.esteve.com
Antonio Párraga
2
Industria Farmacéutica – El Proceso de I+D
Descubrimiento de fármacos en el Siglo XXI
Genoma Humano
(30-40K genes)
Proteómica
10.000 - 30.000
Proteínas ?
Genética
Genómica Funcional
Nuevos
Fármacos
Modelización molecular
Predicción in silico
Química Combinatoria
Espacio
Químico
www.esteve.com
1040 - 10100
Compuestos ?
Diversidad Química
Síntesis Orgánica
Antonio Párraga
3
Industria Farmacéutica – El Proceso de I+D
Célula
Tejido
www.esteve.com
Proteína
Genoma
Órgano
Gen
Sistema
Antonio Párraga
Molécula
Organismo
4
Industria Farmacéutica – El Proceso de I+D
Drug Discovery
Target ID
Screening
Hit to
Lead
IC-50
In Silico
Drug Likeness
Pfizer Rules
ClogP
KOWlogP
LogD
pKa
Hydrophobic Surface
Peff
Max. Absorb. Dose
Tox Alerts (DEREK)
P450 Interactions
hERG
Cardiovascular Activity
CNS Penetration
in silico
www.esteve.com
Drug Evaluation
Lead
optimization
DD/DE
Interface
Pre-clinical
Form
ulatio
n
Metabolism
/PK
Absorption
tion
u
b
i
r
t
s
i
D
ity
c
i
x
o
y/T
t
e
f
a
S
in vitro/cellular
Antonio Párraga
in vivo
5
www.esteve.com
1.
Industria Farmacéutica – El Proceso de I+D
2.
Gestión del Conocimiento
3.
Demanda
Antonio Párraga
6
Gestión del Conocimiento
The Knowledge Supply Chain
A Framework for Knowledge Management
Pipeline
Conocimiento
Drives
Informs
Información
Datos
S. Torr-Brown, Current Opinion in Drug Discovery & Development 2005, 8(3), 316-322
www.esteve.com
Antonio Párraga
7
Gestión del Conocimiento
Descubrimiento de fármacos en el Siglo XXI
Genómica Funcional
Síntesis en
paralelo
y
Química
combinatória
Cribado
de alto
rendimiento
Screening
in silico
T
E
C
N
O
L
O
G
I
A
S
Genómica
INVESTIGACIÓN
DE
FÁRMACOS
Gestión del
conocimiento
Quimoinformática
www.esteve.com
Proteómica
Tratamiento de datos
Antonio Párraga
Farmacogenómica
E
S
T
A
D
O
P
A
T
E
N
T
E
S
Inteligencia
competitiva
Estrategia
de patentes
Bioinformática
8
Gestión del Conocimiento
Datos Biológicos
Datos ADME
Datos Químicos
Integración de Datos
Análisis
Visualización
Datos Clínicos
Datos Genómicos
Datos Textuales
www.esteve.com
Candidatos
Antonio Párraga
Datos de
Seguridad
9
Gestión del Conocimiento
Integración Fuentes de Datos Externas/Internas
Internal
Databases
Genomics Technologies
ƒ
ƒ
ƒ
ƒ
ƒ
MicroArrays
Proteomics
Metabanomics
Sequencing
etc.
Web & Public
Resources
www.esteve.com
Antonio Párraga
10
Gestión del Conocimiento
Rol de Informática en el Proceso de Búsqueda de Hits
Libraries of compounds classified by
target type.
type In silico libraries rapidly
preparable by HTC
Target
options
classified by
knowledge of
chemical
tractability
Genome/
transcriptome/
proteome DBs.
Relational query
tools
in silico selection
Test
Testresult
resultfeed
feed
back
to
project.
back to project.
Organisational
Organisational
learning
learningfrom
from
positive
and
positive and
negative
negativedata
data
based
on
global
based on global
informatics
informatics
platform
platform
R''' NH
R''' NH
N
R'''
o R''' NH
N R'
o HN NH
N N R'
o HN
N N R'
o HN
R''
R'
N
HN
R''
N
R''
R''
Preparation of
designed libraries
Library synthesis
Screening
www.esteve.com
Antonio Párraga
11
www.esteve.com
1.
Industria Farmacéutica – El Proceso de I+D
2.
Gestión del Conocimiento
3.
Demanda
Antonio Párraga
12
Gestión del Conocimiento
Coordinación
Industria
Innovación
www.esteve.com
Biotech
Academia
Antonio Párraga
Creatividad
13
Gestión del Conocimiento
in cerebro
Think, challenge, discuss,
Hypothesize, decide
in silico
in vivo, in vitro
Text, search, predict
Text, observe, validate
S. Torr-Brown, Current Opinion in Drug Discovery & Development 2005, 8(3), 316-322
www.esteve.com
Antonio Párraga
14
Demanda
ÖNormalización de los datos experimentales
Anotación correcta dianas
Resultados
ÖCompartir información (preservando PI)
Bases de Datos Públicas
ÖGeneración de Modelos Predictivos
Seguridad
Eficacia
ÖInvestigación Enfocada
www.esteve.com
Antonio Párraga
15