F. Martín, "Informática biomédica"
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Dr. Fernando Martín Sánchez ISCIII / RETIC INBIOMED Informática Biomédica: Retos Científicos y Actividad Nacional e Internacional II Conferencia de la Plataforma Tecnológica Española de Medicamentos Innovadores Madrid 4 de Julio de 2.006 4 de julio de 2006 II Con ferencia de la Plataforma Tecnológica E spañola Medicament os Inn ovadores 1 CONTENIDOS Informática Biomédica RETIC INBIOMED Actividades en Europa Otras iniciativas internacionales La nueva propuesta de Red COMBIOMED y PTEMI 4 de julio de 2006 II Con ferencia de la Plataforma Tecnológica E spañola Medicament os Inn ovadores 2 Informática Biomédica y Medicina Genómica 4 de julio de 2006 II Con ferencia de la Plataforma Tecnológica E spañola Medicament os Inn ovadores 3 The concepts of Biomedical Informatics and Genomic Medicine Human Genetic Variation Technologies Information Genomic Genotyping Haplotyping Data Individual genomics (SNPs and mutations) Applications Diagnosis Pharmacogenetics Genomic medicine Individualised healthcare BIOMEDICAL INFORMATICS Clinical Gene Expression DNA arrays MS, 2D ef Technologies Functional genomics Proteomics Data Disease reclassification Pharmacogenomics Applications Molecular causes of diseases Molecular medicine Preventive medicine 4 de julio de 2006 II Con ferencia de la Plataforma Tecnológica E spañola Medicament os Inn ovadores 4 Clinical data Genomic & Proteomic research Genomic & proteomic data 4 de julio de 2006 II Con ferencia de la Plataforma Tecnológica E spañola Medicament os Inn ovadores Adapted from the BIOINFOMED Study 5 INBIOMED: Red Temática de Investigación Cooperativa en Informática Biomédica • 6 CCAA • 11 Centros • 13 grupos de investigación • 100 investigadores • Hospitales, Universidades y centros de investigación 4 de julio de 2006 II Con ferencia de la Plataforma Tecnológica E spañola Medicament os Inn ovadores 6 Objetivos de la Red INBIOMED I N B I O M E D Informática en salud pública Poblacional Enfermedad Epidemiología genómica Informática Médica Paciente Imágenes médicas Tejido, órgano Bioinformática Molecular, Genética Farmacogenética Diagnóstico Molecular y basado en la imagen P A T O L O G I A S 4 de julio de 2006 II Con ferencia de la Plataforma Tecnológica E spañola Medicament os Inn ovadores 7 Blast2GO Herramienta para investigación en especies no modelizadas que simplifica el proceso de análisis y caracterización funcional de grupos de secuencias y genes mediante GO y métodos estadísticos Conesa et al. Blast2GO: a universal tool for annotation and visualization in functional genomics research. Bioinformatics. August 2005. 4 de julio de 2006 II Con ferencia de la Plataforma Tecnológica E spañola Medicament os Inn ovadores 8 Herramienta de Conteo de Células Herramienta para el conteo y clasificación automática de células marcadas en imágenes biomédicas mediante umbralización con operadores morfológicos. 4 de julio de 2006 II Con ferencia de la Plataforma Tecnológica E spañola Medicament os Inn ovadores 9 Entorno de Visualización y renderización 3D Bueno et al. Three-dimensional Geometrical Segmentation and Reconstruction of Anatomical Structures. 5744-06, SPIE Internacional Symposium Medical Imaging, 12-17 Feb, 2005 4 de julio de 2006 II Con ferencia de la Plataforma Tecnológica E spañola Medicament os Inn ovadores 10 SOC (Sistema de Orientación Clínica) Herramienta visual de acceso a utilidades de ayuda a la decisión médica. Análisis objetivo de los datos biomédicos mediante métodos estadísticos y data mining. 4 de julio de 2006 II Con ferencia de la Plataforma Tecnológica E spañola Medicament os Inn ovadores 11 OSIRIS Herramienta de minería de textos para la recuperación de literatura relacionada con los SNPs exónicos e intrónicos de un gen dado Bonis-Sanz J et al . Sistema de búsqueda bibliográfica automatizada de estudios de asociación en la farmacogenética de la esquizofrenia y el trastorno bipolar. I Congreso Nacional de Farmacogenética y Farmacogenómica. 23-25 Enero 2005, Valencia, España. 4 de julio de 2006 II Con ferencia de la Plataforma Tecnológica E spañola Medicament os Inn ovadores 12 Actividades en Informática Biomédica en Europa 4 de julio de 2006 II Con ferencia de la Plataforma Tecnológica E spañola Medicament os Inn ovadores 13 Roadmap - Research Agenda 2002 Bioinfomed White Paper 2001 Synergy between Research in Medical Informatics, Bio-Informatics and Neuro-Informatics http://bioinfomed.isciii.es This first white paper resulted in the European Commission providing cumulative funding of €100m to BMI through two targeted calls. http://14dec2001.ramit.be/ 2006 Information & Communication Technologies for Biomedical Sciences http:// http ://www www..cordis cordis.. lu lu//ist ist//health health// 4 de julio de 2006 II Con ferencia de la Plataforma Tecnológica E spañola Medicament os Inn ovadores 2006 Symbiomatics White Paper http:// http ://www www..symbiomatics symbiomatics..org 14 4 de julio de 2006 II Con ferencia de la Plataforma Tecnológica E spañola Medicament os Inn ovadores 15 INFOBIOMED R&D 6 Framework Programme Network of Excellence INFOBIOMED 2004-2007 5 M Euros 16 grupos, 10 paises Coordinada por IMIMBarcelona 㪘㪱 Applications 㪘㪚㪫㪘 㪟㪥㪧㪚㪚 㪟㪟㪬㪛 㪢㪠 㪠㪤㪠㪤 㪝㪠㪤㪠㪤 MI 㪝㪬㪥㪜㪥 BMI 㪤㪠㪄㪜㪤㪚 㪠㪥㪝㪦㪩㪤㪘 㪬㪜㪻㫀㫅 BI 㪠㪪㪚㪠㪠㪠 㪝㪦㪩㪫㪟 㪚㫌㫊㫋㫆㪻㫀㫏 Enabling technologies 㪬㪧㪤 㪬㪘㪭㪩 4 de julio de 2006 II Con ferencia de la Plataforma Tecnológica E spañola Medicament os Inn ovadores 16 EC NoE INFOBIOMED Pilot projects: 6.1 – 6.2 – 6.3 – 6.4 – Pharmainformatics Microbial genomics Periodontitis Colon cancer 4 de julio de 2006 II Con ferencia de la Plataforma Tecnológica E spañola Medicament os Inn ovadores 17 Integración de información: el sistema DiseaseCard DiseaseCard Colaboración con la Universidad de Aveiro INFOBIOMED NoE Integra información de 20 bases de datos 6000 enfermedades genéticas http://www.diseasecard.org 4 de julio de 2006 II Con ferencia de la Plataforma Tecnológica E spañola Medicament os Inn ovadores 18 Proyectos europeos (6FP) derivados de la Red INBIOMED INFOBIOMED NoE 1ª Call ACGT IP 4ª Call SYMBIOMatics ERAnet pilot 2ª call @neurIST IP 4ª Call 4 de julio de 2006 II Con ferencia de la Plataforma Tecnológica E spañola Medicament os Inn ovadores 19 Otras iniciativas internacionales relevantes en Informática Biomédica • ERCIM – Biomedical Informatics Working Group • IMIA – Informatics in Genomic Medicine • NIH – 7 National Centers for Biomedical Computation • AMIA – Genomics Working Group • Working Group HL7 - Clinical Genomics SIG • Programas educativos • Centros de investigación y departamentos 4 de julio de 2006 II Con ferencia de la Plataforma Tecnológica E spañola Medicament os Inn ovadores 20 La nueva propuesta de Red COMBIOMED y la PTEMI Nuevo Marco de Investigación Biomédica Cooperativa CIBER – Centros de investigación biomédica en red RETICS – Redes temáticas de investigación cooperativa INBIOMED Plataforma Tecnológica Española MI Programas educativos en varias universidades 4 de julio de 2006 II Con ferencia de la Plataforma Tecnológica E spañola Medicament os Inn ovadores 21 COMBIOMED – Nueva propuesta de RETIC de BIOMEDICINA COMPUTACIONAL 4 de julio de 2006 II Con ferencia de la Plataforma Tecnológica E spañola Medicament os Inn ovadores 22 CONCLUSIONES Los desarrollos más importantes en ciencia están teniendo lugar en la intersección de las distintas disciplinas con la computación. Transición desde: 9 hacia la: 9 la aplicación de la informática para facilitar que los científicos investiguen, integración de los conceptos, métodos y herramientas computacionales en la misma esencia de la ciencia. Esto puede representar las bases de una nueva revolución en la ciencia. Educación. La computación biomédica supone una oportunidad para mejorar, mediante su integración efectiva en todo el proceso, el diseño y desarrollo de medicamentos. 4 de julio de 2006 II Con ferencia de la Plataforma Tecnológica E spañola Medicament os Inn ovadores 23 Instituto de Salud Carlos III Red de Informática Biomédica Gracias!!! 4 de julio de 2006 II Con ferencia de la Plataforma Tecnológica E spañola Medicament os Inn ovadores 24