Trabajo Practico Bases de Datos Genéticas.pdf

Materia: Genética Molecular
Trabajo Práctico: Exploración de las bases de datos genéticas Saccharomyces
Genome Database (SGD) y Biogrid
Cada grupo recibirá un grupo de tres genes utilizados en el array de mutantes, con los cuales
realizaran la práctica en bases de datos.
1- Saccharomyces Genome Database (SGD)
Esta base de datos provee información integrada acerca de los genes de la levadura S.
cerevisiae, junto con herramientas de búsqueda y análisis que permiten explorar relaciones
funcionales entre la secuencia y función de productos génicos en levaduras y organismos
superiores.
Ejercicio 1: Nombre y descripción de genes.
Tipee en la ventana de busqueda (arriba a la derecha) el nombre del gen del cual quiere obtener
información. Se abrirá una pantalla como la siguiente:
a - Anote para cada gen su Nombre estándar y su nombre sistemático, así como la descripción de
su función. Por qué es importante tener un único identificador de "nombre" por gen?
b - Anote la localización del gen: en qué cromosoma se ubica? Para cada uno de estos genes,
averigue y responda si se encuentran ligados a nivel de ADN a los genes "bait" del TP ssk2 y
ubp3. Porqué es importante conocer este dato?
1 Ejercicio 2: Explorar la función de estos genes utilizando la pestaña de "Gene Ontology"
Seleccionen la pestaña "Gene onthology" y se abrirá la siguiente pantalla:
Busquen en esta página y respondan:
a - Cuál es la diferencia entre anotaciones curadas y automáticas? Están distinguidas en esta
pestaña? Cuáles son consideradas las más confiables?
b - Anotar los términos Go para cada uno de los genes estudiados, incluyendo las categorías
"Molecular Function", "Biological Process" y "Cellular Component". Para cada gen, decir si
comparten categorías funcionales con los genes "bait" ssk2 y ubp3?
Ejercicio 3: Pestañas adicionales de SGD
Explorar las pestañas del programa "Phenotype", "Interactions", "Protein" y "Literature",
registrando qué información provee cada una de ellas.
2- Base de datos Biogrid
Esta base de datos publica que archiva datos de interacciones genéticas y físicas (proteínaproteína) de numerosos organismos modelos incluyendo S. cerevisiae, S. pombe, A. thaliana y
humanos. BioGrid contiene interacciones curadas tanto provenientes de datasets obtenidos de
experimentos "high-throughput", como de estudios individuales o "low throughput".
Ejercicio 1: Interacciones génicas
Se les asignarán 3 genes, provenientes del array de 48 knock-outs. Busquen en BioGrid las
interacciones genéticas de cada uno de estos genes con las 2 cepas “bait” del trabajo práctico:
ssk2 y ubp3.
Nota: La forma mas corta para realizar esta búsqueda es colocar en la página de inicio cada
uno de los genes "bait" y luego el nombre del organismo, donde corresponde. En esa lista se
pueden buscar todos los genes del array que les fueron asignados:
2 Una vez iniciada la búsqueda, podrán notar a la izquierda información resumida sobre el
gen y linkouts a fuentes externas (external database linkouts, ver en la figura debajo),
como por ejemplo SGD. Para hacer mas sencilla la búsqueda les proponemos cambiar el
modo de visualización de datos a “Sortable Table”. Las interacciones aparecen en filas de
la anotación indicando el rol, organismo, tipo de interacción, dataset, tipo de experimento,
score y a la derecha cliqueando en los íconos que se encuentran en la última columna,
"Notes" se obtiene información del tipo de experimento realizado y los parámetros usados
para evaluar el score.
a- Anoten para cada interacción:
i. el tipo de interacción genética (negativa o positiva)
ii. la técnica con la que se detectó
iii. el fenotipo de la doble mutante
b- En el caso en el que haya mas de una interacción genética para un par de genes:
¿Qué diferencias encuentran entre las diferentes anotaciones?
c- Elijan y anoten el score de las interacciónes génicas de cada uno de los tres genes
que les fueron asignados con los genes "bait" ubp3 y ssk2. Seleccionen, en lo
3 posible, aquel score que haya sido encontrado con una técnica similar a la que
utilizamos en el práctico y anoten la publicación de la cual proviene y el criterio
("cutoff") utilizado. Por qué es importante registrar esta información?
Entrega del TP y Puesta en común (próxima clase), resultado teórico del TP
Como entrega del TP, deberán elaborar para la semana próxima un breve informe
respondiendo los diferentes ítems pedidos en el TP, tanto las asignaciones como las
preguntas teóricas. Deberán responder todas las preguntas teoricas y además, para
cada gen que les fue asignado, deberán reportar:
• Nombre, localización cromosómica, ligamiento o no con los genes "bait".
• Categorías Go, y si comparten o no categorías con los genes "bait".
• Número de interacciones genéticas reportadas con cada gen "bait", tipo de
interacción, fenotipo y tipo de experimentos realizados.
• Categoría de interacción y Score seleccionado para cada gen del array con
cada uno de los genes "bait"
bEn base a estos resultados la semana próxima realizaremos una puesta en común
con el resto de los compañeros uniendo en una misma tabla (A-H y 1-6) que
represente al array los scores encontrados en BioGrid para cada interacción génica, lo
cual permitirá generar una predicción del resultado del TP para comparar, al final de la
práctica, con el resultado obtenido.
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