Dise o de primers

23/3/10
DISEÑO DE PRIMERS
EMILIANO BARRETO H.
Profesor Asociado D.E
Que es un primer?
Un primer es un oligonucleotido sintetico corto usado en
técnicas moleculares que van desde PCR a secuenciación
de DNA .
Se diseñan para que su secuencia sea el complemento
reveso de a la región que sirve de templete o del DNA
objetivo al cual se desea que el primer se “anille”.
Que se tiene en cuenta
1. Deben tener de 17-28 bases de longitud;
2. Composición de bases: 50-60% (G+C);
3. La terminación (3') primers debes ser: G ó C, ó CG ó GC:
Esto previene el "breathing" de las terminaciones e
incrementa la eficiencia de la iniciación
4. Tms entre 55-80 ºC ;
5. Los primers largos pueden tener errores.
Por lo que en algunos casos se recomienda la purificación
con HPLC
1
23/3/10
Que se tiene en cuenta
6. 3'-terminales de los primer no deben ser
complementarios.
7.
El primer no debe ser complementario consigo mismo
(evitar estructuras secundarias como hairpins)
8.
Evitar primers con 3 o mas Cs ó Gs en el termina3’
pueden causar falta de inciación en secuencias rica en G ó
C-rich (por la estabilidad del proceso de anillado), and should
be avoided.
(adaptado de Innis and Gelfand,1991)
Primers degenerados
2